وقعت الهيئة العامة للشؤون الإسلامية والأوقاف العديد من اتفاقيات التعاون ومذكرات التفاهم والشراكات مع عدد المؤسسات داخل الدولة في إطار سياسة تعزيز التواصل والتنسيق وتبادل الرؤى والأفكار والخبرات والدراسات بهدف تحقيق الأهداف المشتركة بمهنية عالية تترجم توجيهات قيادتنا الرشيدة ورؤية حكومة دولتنا، وصولا للجودة وضمان استدامة الخدمات.​

• 2021 اتفاقية تعاون مع مؤسسة زايد العليا لأصحاب الهمم.
  
• 2021 اتفاقية تعاون مع دائرة الشؤون الإسلامية في إمارة الشارقة.
• 2020 مذكرة تفاهم مع مركز المتابعة والتحكم.
• 2020 اتفاقية تعاون مع المجلس الأعلى للأمومة والطفولة.
• 2020 اتفاقية تعاون مع جامعة الإمارات.
• 2020 مذكرة تفاهم مع القيادة العامة لشرطة أبو ظبي.
• 2020 اتفاقية تعاون مع شركة بلاكستون لتكنولوجيا المعلومات ذ.م.م.
• 2019 مذكرة تفاهم مع دائرة الثقافة والسياحة في إمارة أبو ظبي.
• 2019 اتفاقية تعاون مع الهيئة العامة لتنظيم قطاع الاتصالات.
• 2019 مذكرة تفاهم مع الهيئة الاتحادية للكهرباء والماء.
• 2019 اتفاقية تعاون مع صندوق التكافل الاجتماعي للعاملين بوزارة الداخلية (فزعة).
• 2019 اتفاقية تعاون مع مجموعة أغذية ش.م.ع.
• 2022 اتفاقية تعاون مع شركة العين للتوزيع.
• 2022 تريندز للبحوث والاستشارات.