يتكون الهيكل التنظيمي للهيئة العامة للشؤون الإسلامية والأوقاف من :

• مجلس الإدارة
• رئيس الهيئة
  • مستشارو الهيئة
  • مكتب رئيس الهيئة
  • إدارة الإستراتيجية والمستقبل
  • إدارة الاتصال الحكومي
  • مكتب التدقيق الداخلي
• المدير العام   
  •  فروع الهيئة
  • مكتب المدير العام
    • المدير التنفيذي للشؤون الإسلامية 
      • إدارة المساجد 
      • إدارة الحج والعمرة
      • إدارة المراكز والمعاهد الدينية
        
      • إدارة الإفتاء​​
      • إدارة الوعظ
    • إدارة البحوث ورقابة الإصدارات الدينية
      • المدير التنفيذي لشؤون الوقف 
      • إدارة أصول ومصارف الوقف
    • إدارة الاستثمارات الوقفية
      • المدير التنفيذي للخدمات المساندة 
      • إدارة الموارد البشرية
        
      • إدارة الشؤون المالية
      • إدارة الخدمات العامة
      • إدارة تقنية المعلومات
      • إدارة الشؤون القانونية​